在寻找疾病靶点方面，drugbank和TTD等数据库有何区别?

来源：千锋教育

发布人：xqq

时间： 2023-10-20 16:08:05

一、在寻找疾病靶点方面，drugbank和TTD等数据库的区别

1、数据来源不同

DrugBank主要以已经上市的药物为主，其数据来源包括FDA批准的药物、文献、专利和非专利报道等。TTD则是基于公开的文献、专利、临床试验等多种来源整理而成。

2、数据内容不同

DrugBank提供的信息更为全面，包括药物的化学结构、药理学特征、转运蛋白相关信息、药物副作用等方面。而TTD则主要提供靶点的信息，包括其结构、功能、通路以及小分子化合物对其的调控作用等方面。

3、数据组织形式不同

DrugBank在数据库的构建和管理中采用了关系型数据库的方法，可以通过类似SQL查询语句来查询数据。而TTD则主要采用基于网络的图形显示方式来展示靶点的信息。

二、常用药物靶点搜索查询的数据库

1、DrugBank

DrugBank数据库是阿尔伯塔大学将详细的药物数据和全面的药物目标信息结合起来，结果都是有实验验证过的，真实可靠的生物信息学和化学信息学数据库。

DrugBank的角色主要有两个：

临床导向的药品百科全书：DrugBank能够提供关于药品，药品靶点和药物作用的生物或生理结果的详细、最新、定量分析或分子量的信息。化学导向的药品数据库：DrugBank能够提供许多内置的工具，用于查看、排序、搜索和提取文本、图像、序列或结构数据。自数据库首次发布信息起，DrugBank已被广泛应用于计算机检索药物、药物“复原”、计算机检索药物结构数据、药物对接或筛选、药物代谢预测、药物靶点预测和一般制药教育。

DrugBank包含13791种药物条目，其中包括2653种经批准的小分子药物、1417种经批准的生物技术(蛋白质/肽)药物、131种营养品和6451种实验药物。此外，5236个非冗余蛋白(即药物靶标/酶/转运体/载体)序列与这些药物条目相关联。每个DrugCard条目包含200多个数据字段，其中一半用于药物/化学数据，另一半用于药物靶标或蛋白质数据。DrugBank最大的特色是它支持全面而复杂的搜索，结合DrugBank可视化软件，这些工具能让科学家们非常容易的检索到新的药物靶目标、比较药物结构、研究药物机制以及探索新型药物。

2、Therapeutic Target Database

Therapeutic Target Database (以下简称TTD) 是全球名列前茅个提供免费药物靶标信息的在线数据库，是药物靶标发现和新药开发领域具有国际影响力的数据平台。该数据平台的年访问量超过15万人次，总访问量达240余万人次，年平均被引次数超过200次。随着精准医疗的发展和AI技术的突破，TTD数据库的构建部分满足了相关AI研究的数据需求，为药物设计与新药发现提供了不可或缺的重要支持。目前，该数据库收录了3500余个药物靶点，近4万个药物分子。

TTD数据库针对药靶信息定义不严格这一争议问题，提出了一套基于“药、靶、病”三者关联的药靶确定策略。运用这一策略，TTD严格确证了所有美国FDA已批准药物（2000余个）和临床试验药物（9400余个）的主要疗效药靶，严格区分了“无疗效”和“有疗效”药靶的概念，最终发现目前所有FDA已批准药物仅作用于近500个疗效药靶。同时，为了推动COVID-19新药开发，TTD整理了目前正在临床和临床前研究的候选药物信息，严格确定了每种药物的主要疗效药靶，提供了214个独立药物分子实体信息。药靶确定研究发现，这些药物作用于53个药靶上，为抗新冠药物设计、发现和测试提供了严格的药靶信息。

基于严格确定的疗效药靶信息，TTD数据库还发展了一系列辅助药靶发现的新功能，为弥合药靶数据与新药靶发现之间的鸿沟，提出了创新性的解决方案。这些新功能包括：药靶差异表达分析和突变识别，药靶调节因子发现和信号通路分析、药物药靶的相似性搜索等。严格确定的药靶数据与构建的新型药靶发现工具之间，相辅相成、互为依托，为当前药靶发现研究打下了坚实的数据和工具基础。

3、PubChem

PubChem，有机小分子生物活性数据，是一个生环化材中应用分子的数据模型库，它是由美国国家健康研究院支持，美国国家生物技术信息中心（NCBI）负责维护的一款实用查询网站。

PubChem里面包含了大量分子材料的理化性能介绍，而且对应每个有机分子的应用都能够追根溯源到较为全面的文献报道，生物医药和生化交叉领域的科研人员尤为青睐。我们可以按名称，分子式，结构和其他标识符搜索化学物质来查找化学和物理性质，生物活性，安全性和毒性信息，专利，文献引用等等。可供检索的化合物有11100万种，物质28700万种，生物活性27300万种、相关文献3200万篇、专利250万种。

PubChem数据库包括3个子数据库（可集成在一起检索，也可以单独检索）：

PubChem BioAssay (化合物)–用于存储生化实验数据，实验数据主要来自高通量筛选实验和科技文献；PubChem Compound (物质) –用于存储整理后的化合物化学结构信息；PubChem Substance (生物检测剂)–用于存储机构和个人上传的化合物原始数据。

4、ChEMBL

ChEMBL数据库是欧洲生物信息研究所（European Bioinformatics Institute，EBI）开发的一个靶点与生物活性药物数据库，收集的是药物研究和开发过程中的药物化学数据和知识，比如临床实验药物和批准药物的治疗靶标和适应症，旨为药物化学家们提供一个非常便利的查询靶点或化合物的生物活性数据的平台。截至2019年10月29日，该数据库共收集了12482个靶点，1,961,462个不同的化合物和13,382个靶点信息。

ChEMBL数据库信息统计：

ChEMBL也有一些小分子及其生物活性的信息，它们来自核心药物化学期刊的全文文章，并与已批准的药物和临床开发候选药物的数据(如作用机制和治疗适应症)相结合，做到权威与实用的完美结合。

延伸阅读1：靶点是什么

靶点是与药物特异性结合的生物大分子的统称。靶点的种类主要有受体、酶、离子通道和核酸，存在于机体靶器官细胞膜上或细胞质内。迄今为止所发现的药物作用靶点总数约为500个左右，其中还不包括抗菌、抗病毒等作用靶点，其中受体尤其是G蛋白偶联受体靶点占据绝大多数。

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